根据教材原文，公司治理的主要问题包括股东与管理层之间的利益冲突，该冲突源于委托代理关系下目标差异。B项属于控股股东与中小股东冲突，C项属于公司与其他利益相关者冲突，D项属于非教材提及的范畴。